Utvrđivanje moći razlučivanja metode nasumice namnoženih polimorfnih DNA fragmenata u tipizaciji Staphylococcus aureus : doktorska disertacija - Tambić-Andrašević, Arjana; Kalenić, Smilja; Gamulin, Vera; Burek, Vitomir (Zagreb : A. Tambić, 1997)
Sažetak: Staphlococcus aureus rezistentan na maticilin (MRSA) jedan je od vodećih uzročnika bolničkih infekcija u svijetu, pa i u Hrvatskoj. Zbog teškoća u liječenju infekcija izazavanih ovim multiplorezistentnim slojevima posebnu pozornost treba obratiti na kontrolu njihovog širenja. Tipizacija izolata pomaže razjasniti patogenezu i putove prenošenja bolničkih patogena. Metoda nasumice namnoženih fragmenata DNA (RAPD) jedna je od genetskih metoda tipizacije, koja se zasniva na lančanoj reakciji polimeraze (PCR) uz primjenu nasumice odabrane klice ("primera"). U ovoj disertaciji ispitana je vrijednost primjene ove metode u analizi bolničkih epidemija uzrokovanih stafilokokima, poglavito MRSA.
U radu su testirani izolati koji su prikupljeni u klinici St. Thomas's, London u tijeku jedne epidemije MRSA; u Klinici za traumatologiju, Zagreb u tijeku jednomjesečnog aktivnog nadzora; te nasumice odabrani izolati iz nekoliko engleskih i tri zagrebačke bolnice. Većina ispitanih klica ("primera") producirala je zadovoljavajuće profile u tipizaciji stafilokoka. RAPD je uspješno opisala epidemiju izazvanu sojem MRSA netipizibilnim fagotipizacijom. U analizi rasprostranjenosti MRSA u Klinici za traumatologiju pružila je vrijedan podatak pokazavši da se ne radi o širenju samo jednog soja. U istoj analizi tipizacija MRSA prema antibiogramu nije bila dovoljno specifična. Većina izolata iz Hrvatske pokazala se netipizibilnima fagotipizacijom, ali tipizibilna metodama RAPD i PFGE.
PFGE je pokazala nešto bolju specifičnost od RAPD, ali najbolja moć razlučivanja postigla se kombinacijom tih dviju metoda. Rezultati se, međutim, brže dobivaju RAPD-metodom, te je metoda vrlo prikladna za rješavanje bolničkih epidemija. RAPD je pokazala dobru reproducibilnost unutar istog laboratorija i pouzdana je komparativna metoda tipizacije.
Summary: Since infections with methicilin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are difficult to treat, it is of great importance to control their spread throught a hospital. Typing of isolates is often essential in understaning epidemiology and pathogenesis of infection. Randomly amplified polymorphic DNA analysis (RAPD) is a genetic typing technique based on a low stringency polymerase chain reaction (PCR) with arbitrary primes. The aim of this study was to estimate its place in typing of staphylococci, MRSA in particular. Most of the primers tested produced interpretable profiles in MRSA. Most of the primers tested produced interpretable profiles in MRSA. RAPD showed good sensitivity in describing an outbreak due to the 'phage nontypeable MRSA in St. Thomas's Hospital, London.
RAPD also showed sufficient specificaty in the analysis of isolates collected in Traumatology Hospital, Zagreb, to reveal that four distinct RAPD types were evenly distributed in the hospital, when antibiogra typing suggested intrahospital spread of one clone only. This information led to the requirement for the inprovement in interhospital communication. Unlike British MRSA most of the randomly collected Croatian strains were nontypeable by 'phagetyping. Rapd and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) turned out to be more appropriate for typing of Croatian MRSA strains. PFGE differentied one type more than RAPD, and the best discriminatory power was achieved by the combination of the two techniques. RAPD is, however, technically less demanding and faster than PFGE.
This study showed that RAPD is a reliable comparative typing technique that can have significant impact on the control of staphilococcal infections.
Mentor: Smilja Kalenić; Komiaija Za ocjenu: Vera Gamulin, Vitomir Burek, Smilja Kalenić; Komisija za obranu: Vera Gamulin, Vitomir Burek, Smilja Kalenić; datum obrane: 17.12.1997.
Sveučilište u Zagrebu, Medicinski fakultet, Zagreb,1997
Bibliografija: str. 79-89
Summary
Keywords: Stafilokokne infekcije -- Tipizacija sojeva